Después de haber cumplido su destino durante los acontecimientos de Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru, el Club de Héroes de la Escuela Media Sanshu -compuesto por Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi y los hermanos Fuu e Itsuki Inubouzaki- vuelve a funcionar a pleno rendimiento, ayudando a los necesitados siempre que pueden. También han conseguido un nuevo miembro, una heroína del pasado llamada Sonoko Nogi. Pero finalmente se dan cuenta de que alguien que debería estar entre ellas, Mimori Tougou, ha desaparecido; cualquier rastro de su existencia ha desaparecido por completo, salvo los recuerdos de las chicas. Sin pistas sobre el paradero de Tougou, las chicas recuperan la capacidad de transformarse y comienzan la búsqueda desesperada de su amiga perdida. Pero lo que encuentran es más impactante de lo que cualquiera de ellas podría haber imaginado, y las consecuencias de sus acciones empiezan a cambiar la vida tal y como la conocen.