Watanuki Kimihiro, es un joven estudiante que tiene el don de ver y atraer fantasmas y espíritus (ayakashi). Un día, al ser atacado por un ayakashi, acaba entrando en una tienda. La dueña del local es Ichihara Yuuko, una mujer que dice que su entrada allí no fue casualidad. Es una tienda donde se cumplen los deseos, y él tenía uno. Pero para que se conceda, es necesario pagar un precio equivalente. Watanuki desea entonces dejar de ver a los espíritus y, para pagar el precio, "acepta" (y obliga) la oferta de Yuuko de trabajar en su tienda. A partir de ese momento, su vida cambia por completo. Watanuki se ve envuelto en las misteriosas historias de los clientes de Yuuko, y con ella aprende no sólo sobre las situaciones mágicas que le rodean, sino también sobre sí mismo.

La vida de Kimihiro Watanuki nunca fue realmente normal. Pero además de su habilidad para ver espíritus, esta secuela de xxxHOLiC le encuentra todavía trabajando como un esclavo para Yuuko, la extraña dueña de una extraña tienda, que prometió librarle de esta habilidad. Sin embargo, esta mujer de otro mundo sólo puede hacerlo cuando él ha trabajado lo suficiente para ganarse su deseo. Así es como cualquiera que entre en la tienda verá concedida su petición: hay que pagar una compensación igual a su deseo. En esta extraña tienda a caballo entre el mundo de los vivos y el de los muertos, Watanuki se encuentra realizando tareas domésticas para la aparentemente perezosa Yuuko y sus compañeras, al tiempo que ayuda a los clientes. Junto con sus compañeros de clase, su supuesta rival romántica Shizuka Doumeki y su enamorada Himawari Kunogi, Watanuki se enfrenta a las muchas desgracias que rodean a los clientes de Yuuko, así como a las que le siguen de cerca a él y a sus amigos.