La humanidad lucha contra criaturas en robots gigantes para proteger la tierra. La historia tiene lugar después de los acontecimientos ocurridos en el juego Muv-Luv Unlimited, mostrando al protagonista, Takeru, despertando y creyendo que todo había terminado. Sin embargo, al salir de su habitación, Takeru se da cuenta de que ha vuelto al principio de todo, y que ahora tiene la oportunidad de desandar lo andado y cambiar el destino que se había marcado antes.