Ha pasado un siglo desde que la "magia verdadera" -que en un principio se consideraba sólo folclore y leyenda- se convirtió en tecnología común en todo el mundo. La Primera Escuela Secundaria Nacional Afiliada a la Universidad de Magia (Primera Escuela Secundaria), una de las nueve academias de magia de Japón, admite a dos hermanos expertos -Miyuki y Tatsuya Shiba- en la academia. La First High divide a sus alumnos en dos grupos, el Curso 1 y el Curso 2, en función de la puntuación obtenida en el examen de ingreso. Esto provoca un aparente desprecio hacia los estudiantes del Curso 2, ya que los estudiantes del Curso 1 los tildan de "malas hierbas", y ellos se autodenominan "flores". Tatsuya es admitido en el Curso 2, mientras que su hermana Miyuki se incorpora al Curso 1 como estudiante de honor. Miyuki desea demostrar a la Primera Secundaria que, a pesar de que su hermano es tachado de inepto, está entre los mejores magos de todo el mundo. Mahouka Koukou no Yuutousei vuelve a contar la historia de Mahouka Koukou no Rettousei desde el punto de vista de Miyuki y los demás personajes femeninos.