Kamisama Hajimemashita 2 narra la historia de Nanami Momozono, una chica que después de quedarse sin hogar, es salvada por un misterioso hombre llamado Mikage. Él le entrega su hogar y su título de dios de un templo local, y le enseña cómo ser una diosa. A medida que Nanami se adapta a su nueva vida como una diosa, se encuentra lidiando con problemas y conflictos, tanto personales como divinos. Con la ayuda de sus amigos y aliados, Nanami lucha por proteger su hogar y su título mientras aprende más sobre sí misma y su papel en el mundo divino.