En un mundo lleno de criaturas llamadas Kaiju, Kafka Hibino siempre soñó con unirse a las Fuerzas de Defensa. Junto a su amiga de la infancia, Mina Ashiro, prometieron que lo lograrían juntos. Sin embargo, la vida los lleva por caminos muy diferentes. Ahora, Kafka trabaja limpiando cadáveres de Kaiju después de las batallas, donde conoce a Ren Ichikawa. Ren está decidido a unirse a las Fuerzas de Defensa, y su pasión y determinación despiertan en Kafka el deseo de unirse a Mina y proteger a la humanidad.