Fairy Gone Parte 2 sigue la historia de los "Fairies", seres humanos modificados con órganos de animales para ser utilizados como armas en una guerra brutal. Ahora en un mundo en paz, los protagonistas intentan encontrar su lugar en la sociedad y lidiar con las consecuencias de sus acciones en el pasado. A medida que se desvelan más secretos y conspiraciones, la heroína Mariya y su equipo deben unirse para proteger a la humanidad y encontrar la verdad detrás de la guerra que una vez definió sus vidas.