Shinji Ikari, un chico tímido y retraído, llega a Tokyo-3 buscado a su padre, (Gendo, el Supremo Comandante de NERV) justo cuando el cuarto ángel ataca la ciudad. Misato (Jefa de Operaciones Tácticas de NERV) consigue llegar hasta el niño y apenas logran alcanzar el Geofront para unirse a la defensa. La primera prueba para Shinji será muy dura al tener que pilotear el EVA 01 en lugar de la misteriosa Rei Ayanami y así iniciar su batalla para salvar a la humanidad. Esta aventura apenas comienza