Cyborg 009 es una historia sobre nueve cyborgs experimentales (ocho hombres y una mujer), que han sido recogidos por el malvado grupo terrorista Black Ghost. Esos nueve cyborgs, con la ayuda de un científico, se vuelven contra el control de Black Ghost. Black Ghost, a su vez, comienza a enviar más ciborgs para destruir a los primeros nueve ciborgs experimentales y provocar la destrucción en todo el mundo.