Kivotos nos sumerge en una ciudad académica gigantesca compuesta por miles de escuelas, donde las peleas entre estudiantes armados son algo común en la vida cotidiana. En medio de este caos, la escuela secundaria Abydos, cubierta de arena y al borde del cierre, se convierte en el escenario principal de esta historia.
Todo comienza cuando cinco estudiantes del "Comité de Trabajo", que luchan por encontrar una salida a la difícil situación de su escuela, se encuentran con un misterioso individuo llamado "Sensei". Este encuentro marca el inicio de una serie de eventos que cambiarán el destino de los estudiantes y de la propia escuela.