Sei, una trabajadora de oficina en sus veintes, fue repentinamente convocada a otro mundo como una "Santa". Aprovechando su amor natural por las plantas, comenzó a trabajar en un instituto de investigación de plantas medicinales. Además, la evaluación de Sei explota cuando activa una magia de purificación tremendamente poderosa en la subyugación de monstruos. Siendo oficialmente reconocida como una "santa", gana el respeto de la gente como la salvadora del Reino de Saluntania. Aquellos que la vigilan y la apoyan son Johann y Jude del instituto de investigación, Yuri de la División de Magos de la Corte Imperial, y Albert Hawke, el "Caballero de Hielo" que siente una atracción mutua pero aún no es amante. Incluso después de convertirse en la persona más importante del reino, Sei sigue obsesionada con la investigación, pero su relación con Albert se profundiza gradualmente, ¡y hay nuevos desarrollos en su historia de amor

Ron Kamonohashi alguna vez fue considerado un genio en la mejor academia de entrenamiento de detectives. Pero después de un error fatal, fue expulsado y se le prohibió convertirse en detective. Años después, el oficial de policía Totomaru Isshiki llama a la puerta de Ron buscando ayuda en un caso de asesinato en serie. Encuentra a Ron, ahora un recluso desaliñado, que acepta. Juntos, este equipo de detectives poco convencional comienza a resolver su primer misterio.

Después de recuperar sus habilidades similares a las de un calamar, Ika Musume planea reanudar su misión autoimpuesta de destruir a toda la humanidad. Sin embargo, su relajado trabajo como camarera en la casa de playa Lemon significa que no puede evitar holgazanear durante su tiempo libre. Además, se encuentra con muchos problemas, como ser perseguida por un grupo de personas obsesionadas con los extraterrestres y llamar la atención de una chica loca.
Retomando después de la conclusión de la primera temporada, Shinryaku!? Ika Musume sigue la hilarante vida de Ika Musume mientras planea su próxima invasión del mundo de la superficie.

Sei, una empleada de oficina en la casa de los veinte años, fue repentinamente convocada a otro mundo como una “Santa”. Aprovechando su amor natural por las plantas, comenzó a trabajar en un instituto de investigación de plantas medicinales. Además, al subyugar monstruos, la reputación de Sei se dispara cuando usa un hechizo purificador de enorme poder! Siendo oficialmente reconocida como una “Santa”, ella gana el respeto del pueblo como la salvadora del Reino de Salutania. Los que la cuidan y apoyan son Johan y Jude del Instituto de Investigación, Yuri de la División de Magos de la Corte Imperial y Albert Hawke, el "Cavaleiro de Hielo". Albert y Sei sienten atracción el uno por el otro, pero todavía no son una pareja. Incluso después de convertirse en la persona más importante del reino, Sei sigue obsesionada con la investigación. ¿Pero su relación con Albert se profundiza y su vida amorosa puede tomar un nuevo rumbo?