El joven Tatsumi viaja a la capital del Imperio con la intención de ganar dinero para su pueblo hambriento, pero se encuentra con un mundo de depravación inimaginable. La ciudad está dominada por el despiadado Primer Ministro, quien manipula al joven Emperador. Tatsumi es reclutado por Night Raid, un grupo de asesinos dedicado a eliminar la corrupción, dispuestos a matar sin piedad a funcionarios y nobles privilegiados.

En esta historia, Subaru Natsuki, un estudiante de instituto común, es transportado a un mundo alternativo donde es rescatado por una chica de pelo plateado. Para devolverle el favor, decide quedarse con ella, pero pronto descubre que la chica lleva un destino muy pesado. Enemigos implacables los atacan una y otra vez, y ambos mueren repetidamente. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de rebobinar en el tiempo y volver al punto de inicio de su llegada al mundo desconocido. Sin embargo, él es el único que conserva los recuerdos de lo que ha sucedido en cada iteración.

(El episodio 23β, que es el mismo que el episodio 23 de la primera parte, introduce la trama de Steins;Gate 0). Suzuha explica que la Tercera Guerra Mundial estallará en 2036 debido a la invención de la máquina del tiempo. Su misión es cambiar la línea del universo actual por una línea, llamada Steins Gate, en la que no se produzca la guerra.