Yugi Muto y sus amigos están en su último año de escuela secundaria y están discutiendo sobre sus planes para el futuro. Mientras tanto, Seto Kaiba ha organizado una excavación para recuperar el Rompecabezas del Milenio, desmontado desde las ruinas de la Cámara del Milenio. El Rompecabezas había contenido el alma de su rival, Atem, a quien Seto espera revivir para desafiarlo a un duelo una vez más.