En la primera temporada de B: The Beginning, dos hombres se enfrentaron a su propio pasado con gran sacrificio. El inconformista detective Keith Flick luchó contra sus demonios y finalmente sacó a la luz los oscuros secretos del Reino de Cremona. El niño prodigio mutante Koku se reunió por fin con el recuerdo más preciado de su infancia robada. Han pasado varios meses desde entonces, y el mundo entero parece haber olvidado la agitación causada por aquellos acontecimientos. Mientras Keith regresa a la Policía Real para llevar a cabo su propia investigación, Koku y Yuna intentan disfrutar de una vida normal en paz. Pero las consecuencias de los experimentos de Jaula Blanca están lejos de extinguirse, como pronto descubre Koku cuando su compañero de laboratorio Kirisame, supuestamente muerto, aparece de repente.

En las islas de Cremona, un justiciero anda suelto. Celebrado por unos y perseguido por otros, el famoso "Asesino B" se toma la justicia por su mano, armado con una afilada espada y habilidades sobrehumanas. Incapaz de detener a este renegado, el Servicio Real de Investigación (RIS) recurre a la experiencia de Keith Flick, un experimentado pero excéntrico detective que fue relegado al Departamento de Archivos tras una pérdida personal. A medida que los crímenes en Cremona comienzan a intensificarse, desde ejecuciones furtivas de malhechores hasta sofisticados ataques a figuras públicas, pronto queda claro que hay más de un responsable.

Una diseñadora gráfica de Tokyo, autora de una mascota muy popular, es la envidia de todos sus compañeros de trabajo y, al mismo tiempo, por ello, sufre una cierta depresión porque la dejan de lado, además de la presión de su jefe para la creación de una nueva mascota con tanto reclamo como su anterior trabajo. Un día, regresando a casa de noche, es atacada violentamente y recibe un golpe, siendo hospitalizada. Pero muchos creen que no es más que una invención suya para deshacerse de la situación en la que se encuentra en su trabajo en ese momento. El autor del ataque es Shounen Bat, un chico en patines y con un bate ligeramete doblado que se convierte en una auténtica leyenda urbana al ir golpeando a personas en sus cabezas durante la noche por toda la ciudad. Dos detectives se encargarán de llevar el caso e irán comprobando que no todo es lo que parece