Seirei Gensouki: Spirit Chronicles es un anime que gira en torno a Amakawka Haruto que muere antes de poder reunirse con su amigo de la infancia que desapareció hace cinco años. Por otro lado está Rio, un niño que vive en los suburbios y que quiere vengar la muerte de su madre. Aunque son dos personas totalmente diferentes entre sí, los recuerdos y la personalidad de Haruto, que debería haber muerto, resucita en el cuerpo de Rio. Mientras los dos están un tanto confundidos por este hecho, Rio decide vivir en este nuevo mundo junto a Haruto.