In the Heart of Kunoichi Tsubaki es una serie anime que sigue al aislacionista Clan Akane, un grupo de chicas compuesto principalmente por jóvenes kunoichi en entrenamiento que tienen un código al que todas deben adherirse: “Como los hombres son seres peligroso, está prohibido interactuar con ellos”. Kunoichi Tsubaki es la líder de la Dog Squad y es una excelente aprendiz con un gran futuro prometedor. Sin embargo, ha empezado a experimentar un sentimiento extraño en su corazón cada vez que se menciona a los chicos.